本院設置：
      黨務行政部、財務后勤部、質量技術部、科研管理部、培訓部、檢驗管理部、食品抽檢考核辦公室、檢驗一所、檢驗二所、檢驗三所十個部門。
     部門職責：
     黨務行政部：負責人事勞資、行政、宣傳、群團、黨建和黨風廉政建設等工作。
     財務后勤部：負責財務、審計、資產管理、后勤、安全和老干管理工作。
     質量技術部：負責質量體系運行、檢驗資質維護和日常技術工作管理，組織儀器設備、實驗用耗材的采購工作。
     科研管理部：負責科研管理、院建設發展研究及內外部風險研究工作，承擔總局重點實驗室、省食品安全檢測工程技術研究中心、省食品安全風險防控研究中心的管理工作，承擔部分科研項目的研究。
     培訓部：負責開展對外培訓工作。
     檢驗管理部：負責檢驗業務全過程管理、抽樣、信息化管理工作，承擔省食品安全抽檢監測工作秘書處的日常工作。
     食品抽檢考核辦公室：在省局食品抽檢處指導下，協助開展國抽、省抽任務食品承檢機構的考核監督等工作。
     檢驗一所：負責各類食品、食用農產品和保健食品中色譜、質譜、波譜等項目的檢測和研究工作。
     檢驗二所：負責各類食品、食用農產品和保健食品中光譜、能譜、常規理化、微生物、分子生物學等項目的檢測和研究工作。
     檢驗三所：負責檢驗樣品制備，樣品檢測的督促協調，檢驗報告編制、審核、批準。